Ngày 11 tháng 12 năm 1990, các nhân viên FBI và thám tử thành phố New York đã đột kích vào câu lạc bộ xã hội Ravenite, bắt giữ Gotti, Gravano và Frank LoCascio. Ở mặt sau của chiếc xe cảnh sát, Gotti đã nhận xét: "Tôi đặt cược với anh 3 ăn 1 là tôi sẽ thắng trận này".[102] Gotti bị buộc tội, trong vụ án tội phạm mới này, với năm vụ giết người (Castellano và Bilotti, Robert DiBernardo, Liborio Milito và Louis Dibono), và âm mưu giết Gaetano "Corky" Vastola, cho mượn tiền lãi cao, cờ bạc bất hợp pháp, cản trở công lý, hối lộ và trốn thuế.[103][104] Dựa trên băng thu lén FBI tại phiên điều trần trước khi xét xử, nhóm cầm đầu Gambino đã bị từ chối tại ngoại. Đồng thời, luật sư Bruce Cutler và Gerald Shargel đã bị loại không được bào chữa cho Gotti và Gravano, sau khi các công tố viên đấu tranh thành công, cho họ "một phần của các bằng chứng" và do đó có khả năng phải làm nhân chứng. Các công tố viên cho rằng Cutler và Shargel không chỉ biết về các hoạt động tội phạm có thể xảy ra, mà còn làm việc như là "cố vấn nội bộ" cho tổ chức Gambino.[105][106] Gotti sau đó thuê Albert Krieger, một luật sư Miami người đã làm việc với Joseph Bonanno, để thay thế Cutler.[107][108]

Các băng thâu cũng tạo ra một sự rạn nứt giữa Gotti và Gravano, cho thấy ông trùm Gambino mô tả underboss mới được bổ nhiệm của mình là quá tham lam và dự định đổ tội cho Gravano là động lực chính đằng sau các vụ hành quyết DiBernardo, Milito và Dibono.[109][110] Nỗ lực của Gotti để hòa giải không thành,[111] Nó làm cho Gravano không còn mộng tưởng gì với tổ chức này nữa và nghi ngờ về cơ hội của mình chiến thắng trong vụ án này khi không có Shargel, luật sư cũ của mình.[112][113] Gravano cuối cùng đã lựa chọn làm nhân chứng cho nhà nước, chính thức đồng ý để làm chứng vào ngày 13 tháng 11 năm 1991.[114]

Gotti và LoCascio được xử tại Tòa án Quận Hoa Kỳ cho quận phía Đông của New York bởi Thẩm phán I. Leo Glasser. Việc lựa chọn bồi thẩm đoàn đã bắt đầu vào tháng 1 năm 1992, với một bồi thẩm đoàn vô danh và, lần đầu tiên trong một vụ án liên bang ở Brooklyn, bị hoàn toàn cô lập trong vụ án vì danh tiếng của Gotti hay mua chuộc bồi thẩm đoàn.[115][116] Vụ án bắt đầu với các công tố viên phát biểu khai mạc vào ngày 12 tháng 2;[117][118] công tố viên Andrew Maloney và John Gleeson bắt đầu vụ án, cho nghe băng thâu Gotti thảo luận về công việc gia đình tội phạm Gambino, kể cả các vụ ám sát mà ông ta cho phép, và chứng nhận sự thù địch giữa Gotti và Castellano là động cơ ông ta cho giết ông trùm của mình.[119] Sau khi gọi nhân chứng của vụ ám sát Sparks mà nhận diện đàn em của Gotti John Carneglia, là một trong những đã bắn chết Bilotti, sau đó họ đã đưa Gravano ra để xác nhận vào ngày 2 tháng 3.[120][121][122]

Trước tòa, Gravano xác nhận vai trò Gotti trong cấu trúc của gia đình Gambino, mô tả chi tiết âm mưu ám sát Castellano và đã đưa ra một giải thích đầy đủ về vụ ám sát và hậu quả của nó.[123] Krieger, và luật sư của Locasio, Anthony Cardinale, trong cuộc tra hỏi cho thấy là họ không thể làm lay chuyển những lời khai của Gravano.[124][125] Sau lời khai bổ sung và nghe băng thâu, chính phủ tạm ngưng vụ án vào ngày 24.[126]

Năm trong số 6 nhân chứng, Krieger và Cardinale định mời bị cho là không liên quan hoặc không dính dáng tới vụ án, chỉ còn lại luật sư thuế của Gotti, Murray Appleman để làm chứng cho ông.[126][127] Phía biện hộ cũng không thành công trong cố gắng để tòa phán đó là một ngộ phán dựa trên phát biểu bế mạc của Maloney.[128][129] Gotti càng ngày càng tỏ thái độ chống đối trong phiên tòa,[130] có lúc Glasser đe dọa đưa ông ta ra khỏi phòng xử án.[126][131] Trong những lúc giận dữ, có khi Gotti gọi Gravano là một junkie (kẻ nghiện thuốc) trong khi luật sư của ông đã tìm cách thảo luận về quá khứ sử dụng thuốc kích thích của Gravano.[132][133]